基于不同的系统软件，构建信息系统的方式可分为：

系统软件	软件代表	抗病毒能力	控制权	安全性	开发 难易度	维护与升级	费用
商用操作系统	Windows/Unix等	依赖于投资	制造商	依赖于投资	难	容易	高
开源发行版	Redhat/SuSe/RedFlag Debian等	强	制造商	高	难	难	低
基于源代码自构	（flykernel提供服务）	强	需求者	高	容易	容易	较高

基于Windows系统

基于Microsoft Windows系统构建信息系统，十分的方便，市面上非常多的软件可供选择，由于Windows很早进入市场，很大部分人都是Windows的用户。缺点是：它是商用软件，源代码不公开，各种应用软件需要购买，现易感染病毒。

基于商用UNIX系统

基于商用UNIX系统构建信息系统，优势是系统十分稳定，一般不易感染病毒和受网络攻击。缺点是：一般UNIX跟硬件平台相互绑定，其价格昂贵，源代码不公开，各种应用软件较少，例如：SUN Solaris/HP SCO UNIX/IBM OS/2/WindRiver VxWorks等

基于开源发行版

基于开源发行版构建信息系统，优势是系统稳定，一般不易感染病毒和受网络攻击，一般软件费用是极低，几乎为免费。缺点是：受限于各发行版厂商给出软件，高级维护人员极少

基于源代码自构

基于源代码自构信息系统，优势是系统完全操控，一般不易感染病毒和受网络攻击，由于基于源代码编译，系统无版权限制，完全能发挥各种硬件平台的最大功能，可具有与商用UNIX等价的系统，开发应用软件容易。缺点是：软件可能会受限于开源社区的开发进度；自构要付一定的费用；自构需要一定的时间；自构可能会受制于提供商。